Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

The purpose of this study was to compare female genomically enhanced breeding values with parental average breeding values in how well those match the animal’s future phenotypes. At the early years of genomic selection mainly bulls were genotyped, but when the costs decreases, genotyping of heifers becomes more and more interesting. Higher accuracy when selecting replacement animals and better mating plans are some of the main arguments for genotyping heifers.

Genotyping heifers in Sweden started in larger scale in 2012, with the start of VikingGenetics LD-project. The main reason was to get genotyped females into the reference population and thereby increase the accuracy of genomically enhanced breeding values. Since the start, over 10,000 females have been genotyped and production results from some of the animals’ first lactations have been recorded. Production, fertility, conformation and functionality records were analyzed from 2637 genotyped females.

In general genomically enhanced breeding values and parental average breeding values worked best to predict future phenotypes for high heritability traits. Except for better genomic prediction for milkability there were no significant differences between indexes and their prediction of future phenotypes. There were tendencies of genomically enhanced breeding values functioned better then parental average breeding values for milk, fat and protein yield. Low accuracy of genomically enhanced breeding values and too few records for some traits could be some explanations of the results. Even though there were few significant differences between genomically enhanced breeding values and parental average breeding values the study indicated that also the conventional genetic evaluation, without genomic information works well for many of the studied traits. Furthermore, the study was made a bit early as some traits could not be analyzed fully because of few completed lactations. Future studies have to be made to confirm the results.

Syftet med denna studie var att jämföra genomiska avelsvärden med härstamningsindex i hur väl de förutser djurens framtida fenotyp. I början av den genomiska eran testades mestadels tjurar, men med lägre genotypningskostnader blir det allt mer intressant att testa hondjur. Högre säkerhet när rekryteringsdjur väljs ut och bättre parningsplaner är några av huvudargumenten för att testa sina hondjur.

Genotypning av hondjur startade i Sverige i samband med VikingGenetics LD-projekt. Huvudorsaken var att få in hondjur i referenspopulation och därmed öka säkerheten på de genomiska avelsvärderna. Sedan starten av projektet har nästan 10 000 hondjur blivit testade och produktionsresultat från några av deras första laktationer har dokumenterats. Produktionsresultat från 2637 genotypade hondjur fanns tillgängliga och egenskaperna som analyserades var avkastning, fertilitet, exteriör och funktionalitet.

Den generella trenden visade att genomiska avelsvärden och härstamningsindex var bättre på att förutse framtida fenotyper på egenskaper med höga arvbarheter. Genomiska avelsvärden fungerade bättre än härstamningsindex för mjölkbarhet men i övrigt fanns det inga signifikanta skillnader mellan de båda indexen. Det fanns dock tendenser att genomisk avelsvärden fungerade bättre än härstamningsindex för mjölk, fett och protein avkastning. Låg säkerhet på genomiska avelsvärden och få produktionsresultat från vissa egenskaper kan möjligen förklara resultaten. Även om det fanns få signifikanta skillnader mellan genomiska avelsvärden och härstamningsindex så indikerade studien att den traditionella avelsvärderingen, utan genomisk information, fungerar väl för många av de studerade egenskaperna. Vissa egenskaper kunde inte analyseras fullständigt på grund av för få fullständiga laktationer. Framtida studier måste göras för att bekräfta resultatet.