Home About Browse Search
Svenska


Jakobsson, Samuel, 2013. Diagnosis and molecular epidemiology of bovine rotavirus and coronarvirus in Brazil. Second cycle, A2E. Uppsala: SLU, Dept. of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health

[img]
Preview
PDF
1MB

Abstract

Rotavirus and coronavirus are the two most common viral causes of neonatal calf diarrhea and their presence causes a lot of economic damage to the farmers as well as suffering to the animal. By getting better knowledge about the viruses we may help in tracing transmission and in producing new vaccines. This paper served to study the molecular epidemiology of rotavirus and coronavirus in fecal samples collected from two different farms in the state of São Paulo, Brazil. These samples have been studied with focus on the gene VP4, VP7, NSP4 in rotavirus and the gene S1 in coronavirus. From the first farm the screening PCR showed that 12/48 samples were positive for rotavirus and 4/48 positive for coronavirus. No determination of genotypes of rotavirus was achieved and the sequences retrieved did not match any known rotavirus. Nor was any amplification and sequencing of the positive samples of coronavirus successful. From the second farm 14/22 samples tested positive for rotavirus and 2/22 samples positive for coronavirus. Initial genotyping PCR for determination of G- and P-genotype identified 3 samples as G6, 5 samples as P[1] and 1 sample as P[11]. Successful sequencing confirmed that the 3 samples were of genotype G6 but identified the, by genotyping PCR determined, P[1] samples as P[5]. From the coronavirus positive samples one sequence which clustered within the genus betacoronaviruses were retrieved.

,

Rotavirus och coronavirus är de två vanligaste virala orsakerna till neonatal diarré hos kalvar och orsakar stora ekonomiska skador för djurägare samt ett lidande för djuren. Genom att få mer kunskap om hur dessa virus är uppbyggda på RNA-nivå kan man hjälpa i smittspårning och i utveckling av nya vacciner. Detta är en studie på molekylär epidemiologi hos dessa virus i fekala prover insamlade från två olika gårdar i delstaten São Paulo, Brasilien. Dessa prover har undersökts med fokus på generna VP4, VP7, NSP4 hos rotavirus samt genen S1 hos coronavirus. I proverna från första gården var 14/48 prover positiva för rotavirus och 4/48 positiva för coronavirus. Genotypning av rotavirus lyckades inte i denna uppsättning och de sekvenser som erhölls liknade inte några andra kända sekvenser av rotavirus. Amplifiering och sekvensering av coronavirus i denna uppsättning lyckades inte. Från den andra gården var 14/22 prover positiva för rotavirus och 2/22 positiva för coronavirus. I genotypande PCR för G- och P-genotyp identifierades 3 prover som G6, 5 prover som P[1] och 1 prov som P[11]. Sekvensering av dessa prover konfirmerade genotypningen som G6 men visade att de tidigare genotypade P[1] istället var av genotyp P[5]. Sekvensering av genen S1 i ett av de två positiva proverna av coronavirus lyckades och denna sekvens placerades i genus betacoronavirus vid en fylogenetisk analys.

Main title:Diagnosis and molecular epidemiology of bovine rotavirus and coronarvirus in Brazil
Authors:Jakobsson, Samuel
Supervisor:Berg, Mikael
Examiner:Sternberg-Lewerin, Susanna
Series:Examensarbete / Sveriges lantbruksuniversitet, Fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap, Veterinärprogrammet
Volume/Sequential designation:2013:22
Year of Publication:2013
Level and depth descriptor:Second cycle, A2E
Student's programme affiliation:VY002 Veterinary Medicine Programme 330 HEC
Department:(VH) > Dept. of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health
Keywords:molecular epidemiology, rotavirus, coronavirus, calf, diarrhea, Brazil
URN:NBN:urn:nbn:se:slu:epsilon-s-2001
Permanent URL:
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:slu:epsilon-s-2001
Subjects:Animal diseases
Language:English
Deposited On:28 Jan 2013 15:40
Metadata Last Modified:28 Jan 2013 15:40

Repository Staff Only: item control page