Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Uganda has the largest pig population in east Africa, and most of the animals are owned by smallholders. Infectious diseases among pigs have a devastating impact on the livelihood of these farmers, which are dependent on the proceeds from pig rearing. In a metagenomics study of the wild pig species bushpig (Potamochoerus larvatus), the porcine viruses Torque teno sus virus (TTSuV) 1and 2 and Porcine parvovirus 4 (PPV4) were detected. TTSuV1 and 2 are ubiquitous in the world’s swine population, and PPV4 has been found in USA and China, but neither of them has been studied in Africa previously. The pathogenic properties of these viruses are unknown. The aim of this project was to do a first estimate of the prevalence of these viruses in pigs in Uganda, and to genetically characterize viruses detected in samples from bushpigs. The prevalence studies were made on serum samples from domestic pigs using PCR with genotype specific primers for TTSuV and PPV4 primers designed from the bushpig PPV4 sequence. Positive samples were sequenced, and phylogenetic analyses were performed in order to compare the Ugandan sequences with others already published. The prevalence of TTSuV1 and 2 in the studied domestic pigs was estimated at 16.7% and 47.9% respectively, with a co-infection of 14.6%. PPV4 was not found in domestic pigs with the bushpig primers. The bushpig TTSuV2 genome was characterized to 55% and was found to be 66-74% identical with other TTSuV2 sequences. The bushpig PPV4 genome was characterized to 70% and was 58% identical with available PPV4 sequences. Further studies must be performed to characterize the entire virus genomes from bushpig, and to evaluate the magnitude and significance of viral exchange between bushpigs and domestic pigs in Uganda.

Uganda har östra Afrikas största grispopulation, och de flesta djuren ägs av småbrukare. Infektionssjukdomar bland grisar har en förödande effekt på försörjningen för dessa lantbrukare, som är i stort behov av avkastningen från grisnäringen. I en metagenomikstudie av den vilda grisarten bushpig (Potamochoerus larvatus), påvisades grisvirusen Torque teno sus virus (TTSuV) 1 och 2 och Porcint parvovirus 4 (PPV4). TTSuV1 och 2 är allmänt utbredda i världens grispopulation, och PPV4 har hittats i USA och Kina, men inget av dem har studerats i Afrika tidigare. Om virusen har förmåga att orsaka sjukdom är okänt. Syftet med detta projekt var att göra en första uppskattning av prevalensen av dessa virus hos grisar i Uganda, och att genetiskt karaktärisera virus påvisade i blod från bushpigs. Prevalensstudien gjordes på serumprov från tamsvin med PCR, med genotypspecifika primers för TTSuV och PPV4-primers som utformats från en PPV4-sekvens från bushpig. Positiva prover sekvenserades och fylogenetiska analyser utfördes i syftet att jämföra de ugandiska sekvenserna med andra redan publicerade sekvenser. Prevalensen av TTSuV1 och 2 i tamsvinen i denna studie var 16,7% respektive 47,9% med en co-infektion i 14,6% av grisarna. PPV4 hittades inte hos tamsvin genom användandet av bushpig-primrar. Genomet för TTSuV2 från bushpig karaktäriserades till 55% och befanns vara 66-74% identiskt med andra TTSuV2-sekvenser. Genomet för PPV4 från bushpig karaktäriserades till 70% och var 58% identiskt med tillgängliga PPV4-sekvenser. Ytterligare studier måste utföras för att karaktärisera hela virusgenomen från bushpig, och för att utvärdera omfattningen och betydelsen av virusutbyte mellan bushpigs och tamsvin i Uganda.