Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Pseudotuberkulos är en sjukdom som drabbar getter runt om i världen. Sjukdomen kan leda till stora ekonomiska förluster inom getproduktionen såväl som lidande hos drabbade djur. Pseudotuberkulos orsakas av bakterien Corynebacterium pseudotuberculosis. Typiska symtom för sjukdomen är abscesser lokaliserade i yttre lymfknutor och/eller inre organ. Vid sjukdom hos en individ rekommenderas utslagning till följd av suboptimala behandlingsalternativ. Denna studie har undersökt sambandet mellan SNP variationer och sjukdomsförekomst hos svenska getter.
41 666 SNP har jämförts mellan positiva fall respektive negativa kontroller; totalt 47 fall och 107 kontroller har ingått i studien. En position på kromosom 6 sågs vara signifikant kopplat till sjukdomsprevalens. Positionen är belägen i en introndel av genen Coiled-coil serine-rich protein 1 (CCSER1) som i tidigare studie kopplats till tillväxt hos get. Ytterligare fyra SNP som anses potentiell kopplade till sjukdom har undersökts där en position belägen på kromosom 8 sågs ligga i en introndel av genen 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH). 15-PGDH kodar för ett enzym som bryter ned prostaglandin E2 (PGE2) och har därigenom en regulatorisk roll i immunförsvaret. Resultaten från den här studien tyder på att både CCER1 och 15-PGDH kan ha en koppling till motståndskraften mot pseudotuberkulos hos get.

Caseous lymphadenitis (CLA) is a disease that affects goats all around the world. The disease can cause significant economic losses in the goat industry and suffering to the affected animals. CLA is caused by the bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis. Typical symptoms for the disease are abscesses localised to the external lymph nodes and/or internal organs. In case of disease in an individual euthanasia is recommended due to suboptimal options for treatment. This study has investigated the relationship between SNP variations and disease prevalence in Swedish goats. 41,666 SNP have been compared between positive cases and negative controls; a total of 47 cases and 107 controls have been included in the study. One position on chromosome 6 was significantly linked to disease prevalence. The position is located in an intron variant of the gene Coiled-coil serine-rich protein 1 (CCSER1) which in a previous study showed linkage to growth factors in goats. Four additional SNP considered potentially linked to the disease have been investigated, where a position on chromosome 8 shown located in an intron variant of the gene 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH). 15-PGDH is coding for an enzyme that works degrading on prostaglandin E2 (PGE2) and therefore have a regulatory part in the immune system.
The result from this study indicates that both CCER1 and 15-PGDH can be linked to the resistance against caseous lymphadenitis in goats.