Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Svenska allmogegetter är antingen oförädlade eller delvis oförädlade getraser som är utrotningshotade på grund av den låga populationen inom varje ras. Detta kan leda till risk för inavel eftersom den genetiska variationen är låg. Lappgetter hade en högre risk för inavel med en population på 309 individer och specifika avelslinjer. I detta arbete undersöktes risken för inavel genom att mäta graden av homozygoti med SNP-markörer som genotypades från 12 göingegetter, 22 jämtgetter och 16 lappgetter.
Med hjälp av dataprogrammen PLINK och R undersöktes individernas inavelskoefficienter och längden av homozygota regioner undersöktes för att finna risk för inavel. Analys av inavelskoefficienterna och homozygota regioner visade att lappgetterna, i detta arbete, hade en högre grad av inavel eftersom hälften av individerna var mer homozygot än förväntat. Jämtgetterna hade minst förväntad homozygot i procent av alla allmogegetter, även om en av jämtgetterna hade mer homozygoti än förväntat jämfört med de andra raserna i detta arbete.

The Swedish peasant goats are either unimproved or remnants of unimproved goat breeds that are endangered due to their small population size in each breed. This increases the risk of inbreeding and reduces genetic variation in the breeds. The lapp goats had a higher risk of inbreeding due to the small population of 309 individuals and the specific breeding lines. In this thesis the risk of inbreeding was investigated by measuring the level of homozygosity in SNP-markers genotyped from 12 göinge goats, 22 jämt goats and 16 lapp goats.
Using the software programs PLINK and R, the risk of inbreeding was investigated through analyzing the inbreeding coefficients and homozygous regions of the individuals. By analysis of the inbreeding coefficients and homozygous regions, the results showed that lapp goats, in this thesis, had the highest risk of inbreeding due to the fact that half of the individuals had more homozygosity than expected. The jämt goats had the highest percentage of the least expected homozygosity out of all the peasant goats, although one of the jämt goats had more homozygosity than expected compared to any other breed in this thesis.