Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Pseudotuberkulos, orsakat av bakterien Corynebacterium pseudotuberculosis, är en kronisk sjukdom som drabbar getter världen över, inklusive i Sverige. Sjukdomen ger upphov till abscesser i kroppen och orsakar ekonomiska förluster. Ingen effektiv behandling finns mot sjukdomen och vid diagnos rekommenderas avlivning. I den här studien användes genotypdata från 83 svenska lantrasgetter, 13 fall och 70 kontroller, analyserade med GoatSNP50 Illumina chip. En fall-kontroll helgenomstudie utfördes för att identifiera samband mellan SNP och sjuk-domsstatus. Analysen visade att tre SNP, lokaliserade på kromosom 17 och 10, var signifikant associerade med pseudotuberkulos. Vidare identifierades två SNP med P-värden strax över signi-fikansgränsen på kromosom 13 och 18. Bland gener nära ovannämnda SNP identifierades genen CDH1 på kromosom 18, som kodar för proteinet E-cadherin, som mest troligt associerad med pseudotuberkulos. Den här kunskapen om genetisk resistens mot pseudotuberkulos hos get kan i framtiden användas för ökad förståelse om sjukdomen och potentiellt kan avel implementeras för ökad motståndskraft.

Caseous lymphadenitis (CLA), caused by the bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis, is a chronic disease that affects goats all over the world, including in Sweden. The disease gives rise to abscesses in the body and causes economic losses. No effective treatment exists for the disease and after diagnosis euthanasia is recommended. In this study, genotype data from 83 Swedish landrace goats, 13 cases and 70 controls, analyzed with GoatSNP50 Illumina chip were used. A case-control genome-wide association study was performed to identify associations between SNPs and disease status. The analysis identified three SNPs, on chromosomes 17 and 10, that were sig-nificantly associated with CLA. Furthermore, two SNPs with P-values just above the significance limit were identified on chromosomes 13 and 18. Among genes close to above mentioned SNPs, the CDH1 gene on chromosome 18 that codes for the protein E-cadherin, was identified as most likely associated with CLA. This knowledge of genetic resistance to CLA in goats can be used in the future for increased understanding of the disease and potentially can selective breeding be implemented for increased resistance.