Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Huskatten är den vanligaste tamkatten i våra svenska hushåll. Utöver huskatter finns även en mängd olika raskatter runt om i landet, bland annat europén, en raskatt som härstammar från Sveriges gamla huskatter. Medan en raskatt har en stamtavla kan en huskatt se ut nästan hur som helst. Men trots att huskatten är den vanligaste tamkatten i Sverige, har ingen hittills undersökt hur den genetiska variationen ser ut, varken inom den svenska populationen eller jämfört med kattpopulationer i andra länder. Det finns därmed många funderingar kring vår inhemska kattpopulation. För att hjälpa till att besvara några av dessa funderingar undersöker vi i detta arbete genetisk variation mellan huskatter från Norrland, Svealand och Götaland respektive mellan huskatt och europé. I arbetet jämförs även genetisk variation mellan svenska huskatter och populationer i andra länder, bland annat USA och Polen. För att kunna jämföra de svenska resultaten med dessa tidigare studier sekvenserades en del av kontrollregionen i kattens mitokondrie-DNA. I den svenska huskatt-populationen kunde elva olika mitokondriella varianter identifieras. Över 70 % av huskatterna bar på en av de två vanligaste av dessa elva genvarianter medan sex av varianterna i stället endast obser-verades hos enstaka individer. Alla unika varianter, utom en, var dock identiska med genvarianter som hittats hos katter utomlands. Vid jämförelse inom Sverige observerades en skillnad mellan landsdelarna. Den tredje och femte vanligaste varianterna återfanns endast i Norrland och Svealand.
Utöver genetisk variation undersöktes även den svenska kattpopulationen avseende en vanlig genetisk sjukdom, nämligen polycystisk njursjukdom, eller PKD. Sjukdomen återfinns hos framför allt rasen perser men har även påvisats hos andra raskatter. PKD orsakas av en punktmutation i Polycystin-1 genen. En individ som bär på mutationen får ett icke-funktionellt protein och föds med cystor framför allt i njurarna. Cystorna växer under kattens liv vilket leder till degeneration av njurvävnad och kronisk njursjukdom. Vid undersökning huruvida mutationen kunde påvisas i den svenska huskattpopulationen påvisades två heterozygota individer. En med känd inblandning av perserkatt, och en av okänd bakgrund. Polycystin-1 genen undersöktes även avseende genetisk variation där ingen signifikant skillnad kunde ses mellan huskatter från Sveriges olika landsdelar.

The random bred cat (RBC) is the most common amongst our Swedish domestic cats. In addition to random bred cats there are also fancy bred cats, for example the European shorthair, a breed originating from old Swedish domestic cats. Whilst a fancy bred cat has their pedigree, and a distinct look, random bred cats can have very different ancestry, and therefore have a varied appearance.
Even though the RBC is the most common of our domestic cats, no one has yet explored how the genetic diversity varies, neither within the Swedish population nor how it compares to RBC populations around the world. Therefor there are a lot of questions surrounding our domestic population. To help answer some of these questions we investigate and compare the genetic variation in mitochondrial-DNA between RBCs in Sweden’s three larger regions, Norrland, Svealand and Götaland. Furthermore, we also compare the RBCs to the European shorthair.
Similar studies have been done in other countries, like the US and Poland where a mitochondrial-DNA-sequence has been analyzed, and the studied cats divided into different variants. To also be able to compare the Swedish population to RBCs in other countries, the same sequence was analyzed here. Within the Swedish RBC population 11 different variants could be identified. More than 70% of the population carried one of the two most common ones whilst six of the variants where only found in single individuals. All unique variants however, apart from one, where found to be identical to variants found in other countries. Within Sweden a difference could be observed between the regions. The third and fifth most common Swedish variants could only be found in Norrland and Svealand.
Apart from genetic diversity, our population of cats were also examined in regards to if they carried the mutation causing Polycystic kidney disease (PKD). PKD is a common genetic disease, most frequently found in the Persian cat. The disease is caused by a single nucleotide mutation in the Polycystin-1 gene and causes the formation of a non-functional protein which in turn leads to development of cysts and degeneration of renal tissue. In the RBC population two individuals carrying the mutation in heterozygous form were found. One of the individuals had a known Persian relative, whilst the other were of unknown descent. After looking at PKD we also examined the Polycystin-1 gene regarding genetic diversity. No significant difference between the Swedish regions could be found when comparing genetic diversity found in the Polycystin-1 gene.