Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Svenska forskare har märkt av en ökning bland Phoma infekterade skogsplantor från plantskolor runt om i landet. Både skott och rötter från tidigare undersökning har detekterats infekterade med svampar från släktet Phoma. Denna studie undersöker isolat av svamp tagna från rötter och skott på gran och tall från 9 olika plantskolor. Isolaten är identifierade utifrån morfologi och molekylär fylogeni utifrån ITS-sekvensen och tillhör släktet Phoma. Studiens syfte var att genom multilokusfylogeni med sekvenserna ITS, aktin och translation elongation factor 1-alpha, utvärdera om svamparna som infekterar rot respektive skott på plantorna tillhör samma eller olika arter av Phoma. Resultatet som presenteras i tre fylogenetiska träd, stödjer inte att isolaten tillhör olika arter. Vidare kunde två isolat konstatera tillhöra annat släkte och indikera morfologisk identifiering som otillräcklig för att särskilja olika arter inom Phoma-släktet.

An increase in infection rate by fungi of the genus Phoma amongst different forest nurseries in Sweden has been observed by Swedish researchers. This study includes isolates of the genus infecting both roots and shoots of both pine and spruce seedlings from nine different forest nurseries, identified by morphological and genetic features (sequencing of the ITS locus). The aim of the study was to determine if the fungi infecting roots and shoots belong to the same or different species, using multi locus phylogeny composed of the ITS, actin, and translation elongation factor 1-alpa sequences. The result, presented in three phylogenetic trees, does not support the isolates to belong to different species. Furthermore, according to the results of the study there were two isolates that did not belong to the genus Phoma, indicating morphological features to be incomplete when identifying species in the genus.