Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Cetacean morbillivirus (CeMV) har sedan 1980-talet påvisats hos ett flertal arter av valar över hela norra halvklotet, däribland tumlare. Viruset kan delas in i flera stammar, däribland Dolphin morbillivirus och Porpoise morbillivirus (DMV respektive PMV). Viruset har hos delfiner orsakat utbrott av massdöd medan dess påverkan på tumlare är mindre undersökt men ger intryck av att vara lindrigare. Obduktionsfynd inkluderar nekrotiserande encefalit och interstitiell pneumoni. Syftet med den här studien är att undersöka förekomsten av morbillivirus hos svenska tumlare som strandat och obducerats mellan 2007 och 2017. Den möjliga påverkan som viruset haft på infekterade individer diskuteras också.

Studien är utförd på 126 vävnadsprover från 59 tumlare som strandat längs med Sveriges kust. Tumlarna är obducerade på Statens veterinärmedicinska anstalt (SVA) eller på Naturhistoriska riksmuseet och prover har sedan frysts ner för att sparas i Naturhistoriska riksmuseets miljöprovbank för framtida forskning. RNA extraherades och en nestad RT-PCR användes för att amplifiera DNA från DMV. PCR-produkterna analyserades sedan med en agarosgelelektrofores och prover som där gav ett positivt resultat skickades för sekvensering.

Av de prover som skickades på sekvensering visade endast ett upp ett kromatogram som gjorde att nukleotidsekvensen gick att lita på. Denna nukleotidsekvens visade sig dock ha störst likhet med en vektor och inte med något morbillivirus. De övriga proverna visar upp kromatogram med oregelbundna eller svaga toppar, för korta sekvenser eller överlappande toppar och deras nukleotidsekvenser kunde därför inte ge något svar på om DMV fanns i de analyserade proverna. Inför framtida forskning på området bör ställning tas till om det finns lämpligare metoder för provbearbetning och analys.

Cetacean morbillivirus (CeMV) has since the 1980s been detected in several species of cetaceans throughout the Northern Hemisphere, including porpoises. The virus is divided into several strains, including the dolphin morbillivirus (DMV) and porpoise morbillivirus (PMV). The virus has in dolphins caused outbreaks of mass death, while its impact on the porpoise population is less investigated but gives the impression of being less significant. Autopsy findings include necrotizing encephalitis and interstitial pneumonia. The purpose of this study was to investigate the prevalence of morbillivirus in Swedish porpoise, stranded and autopsied between the years 2007 and 2017. The possible impact that the virus has had on infected individuals is also discussed.

The study was conducted on 126 tissue samples from 59 harbour porpoises stranded along the Swedish cost. Post mortems of the porpoises was performed at the Swedish National Veterinary Institute (SVA) or at the Swedish Museum of Natural History and samples were stored frozen in the environmental specimen bank at the Swedish Museum of Natural History for future research purposes. RNA was extracted and a nested RT-PCR was used to amplify DNA from DMV. The PCR products were then analysed via agarose gel electrophoresis and samples that gave a positive result were sent for sequencing.

Of the samples sent for sequencing, only one showed a valid chromatogram for the nucleotide sequence to be trusted. However, this nucleotide sequence proved to be more similar to a vector than to any morbillivirus. The other samples showed chromatograms with irregular or small peaks, too short sequences or overlapping peaks, and their nucleotide sequences can therefore not give an answer to if DMV were present in the analysed samples. Prior to future research in the field, consideration should be taken to if there are more appropriate methods of analysis.