Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

From earlier studies, it is clear that nearly 20 % of the Swedish red (SR) dairy herd possess milk that doesn’t coagulate within 40 minutes after rennet addition. This is a problem when processing milk into cheese because lower cheese yield is the result of non-coagulating (NC) milk. An estimate of 17.5 M SEK could be gained if cheese yield increased with one percent. The current payment strategies for milk from Swe-dish dairies favours a high total protein content and high yield. However, there is a moderate unfavourable genetic correlation between total protein content and NC milk in SR cows, which could possibly lead to an increase of NC milk within the SR cattle population. Much of the literature in the subject suggests that the largest contribution to differences in milk quality has a genetic background, which allows breeding cows with better milk quality. A polymorphism in the VPS35 gene has previously been suggested to be in strong association with NC milk in SR cows. The aim of this thesis was to validate a SNP in the VPS35 gene that has been found to influence NC milk. This validation included genotyping of the SNP in 1046 SR cows, estimation of the heritability for NC and the effect of this SNP on the proportion of NC milk. If the SNP is proven to be significant for NC milk, it can be relevant to include it in breed-ing programmes for SR cows. Phenotype records were available on the following animals: 382 animals sampled between 2010 and 2011 and 603 animals sampled be-tween 2016 and 2017. We compared the real genotypes obtained from this study and genotypes from previous imputed data that was available for 382 animals. Based on this comparison, we validated and re-estimated the effect of the VPS35 SNP with the 603 genotyped animals, that haven’t yet undergone a genome-wide association study (GWAS). The results showed high correlation between the imputed and the real data and high heritability for NC milk. However, for the 603 animals that haven’t yet un-dergone a GWAS, the effect of the VPS35 SNP was low as well as the heritability.

Från tidigare studier står det klart att nästan 20 % av rasen SRB (svensk rödbrokig boskap) mjölkar mjölk som inte koagulerar inom 40 minuter efter att löpe har tillsats. Detta är ett problem när mjölken ska användas till ostproduktion, då ostutbytet blir mindre om mjölken inte koagulerar. Ett uppskattat värde av 17,5 miljoner kronor skulle kunna sparas om ostutbytet ökade med en procent. Betalningssystemet från mejerier till mjölkproducenter favoriserar högt totalt proteininnehåll och hög mjölk-mängd. Det är en måttlig ogynnsam korrelation mellan proteininnehåll och icke ko-agulerande mjölk hos SRB, vilket skulle kunna försämra koagulering egenskaper yt-terligare. Mycket av litteraturen i ämnet föreslår att den största anledningen till skill-nader i mjölkkvalitet beror på genetiska skillnader mellan djur. Vetskapen om detta gör det möjligt att avla kor med bättre mjölkkvalitet. Polymorfism i VPS35 genen har påvisat stark association med icke koagulerande mjölk hos SRB. Syftet med den här studien var att validera en ’single nucleotide polymorphism’ (SNP) i VPS35 ge-nen som påverkar icke koagulerande mjölk. I valideringen ingår genotypning av SNP:et och skattning av arvbarhet och effekten av SNP:et för icke koagulerande mjölk. Om SNP:et påvisas vara signifikant för icke koagulerande mjölk kan det vara relevant att använda det i avelsprogram för SRB. I den här studien blev 1046 SRB kor genotypade för polymorfism i ett SNP i VPS35 genen. Fenotyp observationer fanns tillgängliga för följande djur; 382 djur provtagna mellan år 2010 och 2011 och 603 djur provtagna mellan år 2016 och 2017. I studien jämförde vi resultaten mellan de riktiga genotypvärdena från denna studie med de imputerade gentypvärdena från tidigare studie som fanns tillgängliga för 382 djur. Baserat på denna jämförelse kunde vi validera och uppskatta effekten av VPS35 SNP:et för de 603 genotypade djuren. Resultaten visar på hög korrelation mellan den imputerade versus den riktiga datan och på hög arvbarhet för NC mjölk för 382 djur. Men för de 603 djur som inte ännu genomgått en genome-wide association study (GWAS) var effekten av gentyp i SNP:et lågt såväl som arvbarheten.