Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Infection with endoparasites is a problem in sheep flocks worldwide. In order to avoid treating animals with anthelmintics unnecessarily, or missing animal groups in need of treatment, it is important that there are diagnostic tools that effectively detects sheep groups with a high degree of infection. A common way of estimating the degree of infection in sheep farms is to analyze the number of parasitic eggs in samples from a certain number of animals in the flock. The result is then used to estimate the overall degree of infection in the flock. The purpose of this study was first to investigate the distribution of parasitic eggs between the individuals in a relatively small flock of sheep as well as to investigate what endoparasite species were present in the flock. The third, and most important purpose of the study, was to investigate to what extent the number of individual fecal samples included in a composite sample influences the accuracy of the estimation of the flock mean.

Material in the form of individual fecal samples were examined from two different sample groups; 60 fecal samples came from Vidilab (a laboratory that routinely examines fecal samples for parasitological analysis) and 49 samples were collected from a hobby flock. In both cases, the individual samples were analyzed with the McMaster method independently, as well as in the form of composite samples that were made up of samples from several individuals per group. The individual samples that were included in the composite samples were sorted both randomly and in different pools consisting of samples with high and low egg counts, respectively. The composition of the parasites in the pool samples was examined using digital droplet (dd) PCR. Finally, a Bootstrap analysis was conducted with data from the different sampling groups to theoretically determine how the egg count result is influenced by different individual numbers that can be included in pooled sampling.

This study showed that the range of egg secretion between individual sheep egg was high in both sampling groups. A small proportion of the animals yielded high egg counts while the majority of individuals only excreted small amounts or no parasitic eggs at all. In the ddPCR study, the three most common endoparasites in Swedish sheep herds were detected (Haemonchus contortus, Trichostrongylus spp. and Teladorsagia circumcincta). In addition, the study indirectly showed that there were other Trichostrongyle species in the samples. The Bootstrap analysis showed that the accuracy of the test result increased with the number of individual samples, as shown in previous studies. In summary, this study supports the findings made in previous studies. The test results for examining pool samples are influenced by several factors where the individual number tested is the most important factor in increasing precision.

Infektioner med mag- och tarmparasiter är ett betydelsefullt veterinärmedicinskt problem i fårbesättningar världen över. För att undvika att avmaska djuren i onödan eller missa djurgrupper i behov av behandling är det viktigt att det finns diagnostik som effektivt fångar upp fårgrupper med ett högt smittryck. Ett vanligt sätt att uppskatta smittläget fårbesättningar är att analysera antalet parasitägg i samlingsprover från träck hos ett visst antal djur i besättningen. Resultatet används sedan för att uppskatta smittrycket i besättningen i stort. Den här studien hade två övergripande syften: huvudsyftet var att undersöka i vilken utsträckning antalet individuella träckprover som ingår i ett samlingsprov påverkar provsvarets precision. Ett ytterligare syfte var att undersöka hur utskiljningen av parasitägg samt parasitartförekomsten fördelade sig mellan individerna i en relativt liten hobbybesättning.

Provmaterial i form av individuella träckprover undersöktes från två olika grupper; varav 60 prover kom från Vidilab (ett laboratorium som rutinmässigt undersöker träck för parasitologisk analys), och 49 prover samlades in från en uppländsk hobbybesättning. I båda fallen analyserades träckproverna med McMasterteknik dels var för sig, dels som samlingsprover från flera individer per grupp. De individprover som ingick i de poolade samlingsproverna sorterades både slumpmässigt och i olika pooler bestående av prover med hög respektive låg äggutskilning. Parasiternas artsammansättning i samlingsproverna undersöktes med hjälp av digital droplet (dd)PCR. Slutligen genomfördes bootstrapanalys med data från de olika provtagningsgrupperna för att teoretiskt ta reda på hur precisionen i de samlade resultaten påverkas av olika individantal som kan ingå i poolade samlingsprover.

Den här studien visade att spridningen mellan individernas äggutskiljning var stor i båda provtagningsgrupperna. En liten andel av djuren utskilde stora mängder parasitägg medan majoriteten av individerna endast utskilde liten mängd eller inga parasitägg alls. I ddPCRundersökningen påvisades de tre vanligaste endoparasiterna som infekterar svenska får. Undersökningen visade dessutom indirekt att det förekom andra trichostrongylida arter i proverna. Bootstrapanalysen visade att precisionen för provresultatet ökade med antalet ingående individprover, något som även visats i tidigare studier. Sammanfattningsvis stödjer den här studien de fynd som gjorts i tidigare studier. Provresultaten vid undersökning av samlingsprover påverkas av flera faktorer där individantalet som provtas utgör störst roll när man vill öka precisionen.