Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

Målet med detta projekt var att i en korsning mellan röd djungelhöna och Obese strain
höna kartlägga, med kopplingsanalys, de fenotypiska markörerna fjäderdräktsfärg,
fjädermönster och benfärg samt att identifiera en informativ markör i major
histocompatibility complex (MHC). Den röda djungelhönan anses vara anfadern till
dagens domesticerade höna och Obese strain hönan utvecklar spontan autoimmun tyroidit
och är modelldjur för den humana sjukdomen Hashimotos tyroidit. De aktuella lokusen
involverade i de fenotypiska markörerna är Dominant vit (I)/PMEL17, Gula ben (W),
Inhibering av dermalt melanin (Id), Extension (E)/MC1R, Barring (B) och Stippling. W
lokus kartlades till kromosom 24, I lokus till kopplingsgrupp E22C19W28 och Id lokus
16
och B lokus båda till kromosom Z. Kartläggningen av W, I, Id och B stämmer överens
med tidigare resultat men E lokus och Stippling kunde inte kartläggas. Det finns fler
lokus som påverkar färg på fjädrar och ben. Dessa lokus tillsammans med
geninteraktioner kan ha bidragit till att E inte kunde kartläggas. Den genomsnittliga
kartlängden i denna korsning är 2358.85 cM med ett genomsnittligt marköravstånd av
6.63 cM och den hanliga kartan är 7.3% längre än den honliga. Sex enkel nukleotid
variationer hittades i start- och slutsekvenserna av kromosom 16 men analyserades inte
vidare.

För att kunna studera relationen mellan MHC och spontan autoimmun tyroidit så
behövs det en eller flera markörer i MHC. Mikrosatellitmarkören LEI0258 testades och
visade sig vara informativ i korsningen. Fortsatta studier kommer att undersöka om
tidigare nämnda MHC haplotyper är kopplade till svår (B13 och B15) eller lindrig (B5)
sjukdom.

The aim of this project was to map the phenotypic traits plumage colour, feather pattern
and shank colour and to identify an informative marker in exon 2 of the MHC class I
locus in a cross between the Obese strain chicken and the red junglefowl. The three
generation pedigree used was set up for study of spontaneous autoimmune thyroiditis
(SAT) and generated through a reciprocal cross between the two lines. Obese strain
chicken develops SAT and is a model for human Hashimoto’s thyroiditis.
Individuals in the cross were scored for the Dominant white (I)/PMEL17, Yellow legs
(W), Inhibition of dermal melanin (Id), Extension (E)/MC1R, Sex-linked barring (B) and
Stippling loci. The W locus mapped to chromosome 24, I locus mapped to linkage group
E22C19W28 and Id locus and B locus both mapped to chromosome Z, all as expected
compared to prior mapping. The E and Stippling loci could not be mapped.
The length of the average linkage map including both sexes is 2358.85 cM with an
average marker spacing of 6.63 cM and the male map is 7.3% longer than the female
map. The map will later on be used for mapping of Quantitative Trait Loci.
Six SNPs were found in the start and end sequences of chromosome 16 but were not
further analysed. One SNP was found in MHC but turned out not to be polymorphic in
the cross when analysed with pyrosequencing. Microsatellite marker LEI0258 was found
to be informative in the cross.