Epsilon Archive for Student Projects

Abstract

In the breeding evaluation of Icelandic horses there are eight breeding goals that refer to conformation, for example head carriage. Genetic evaluation of the horse is an important part for succeeding with breeding goals and this information is taken from assessments from breeding field tests, including conformation of the horses. These assessments can then be used for retrieving an estimated breeding value (EBV) through Best Linear Unbiased Prediction method (BLUP) with a multivariate animal model.
With this in mind a Genome-Wide Association Study (GWAS) was done, primarily focus set on the follow-up of results from previous studies (Shrestha et al. unpublished; Wellbring 2011) and the same material was used as the previous study used, horse owner information and genotypes as well as head morphology and body length as phenotypes. However, one distinct difference was made for this study, this time direct measurements were used instead of EBV´s when using the traits head morphology and body length. Direct measurements give more accuracy than EBV´s as traits within association studies. Direct phenotypes were collected with a questionnaire which was sent out to the 178 Icelandic horse owners. To further follow up the results from the previous study, a secondary study was done through t-tests. For the GWAS analysis, chosen phenotypes from the questionnaire were picked out and the results gave significant associations to the following phenotypes: appearance of jaws, muzzle circumference, jawbone circumference and head length) and one borderline significant association (height at withers). From the secondary study one significant p-value was obtained when comparing means for measurements on genotype GG/AA in the t-test for group 1 (body length: Chromosome 1). The significant p-value was 0.007 and where the mean also was 143.213.

I avelsvärdering av islandshästar finns åtta avelsmål som avser exteriören, till exempel huvudhållning. Avelsvärdering av hästen är en viktig del för att lyckas med exteriören av hästarna. Dessa bedömningar kan sedan användas för att hämta ett uppskattat avelsvärde (EBV) genom metoden vid namn, Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) med en multivariant djurmodell.
Med detta i åtanke utfördes en Genome-wide association study (GWAS), i första hand lades fokus på uppföljning av resultat från tidigare studier (Shrestha et al., opublicerat; Wellbring 2011) och samma material användes som den tidigare studien använde, hästägarinformation och genotyper samt huvudform och kroppslängd som fenotyper. Emellertid skapades en distinkt skillnad speciellt för denna studie, den här gången användes direkta mätningar istället för EBV's vid användning egenskaperna huvudform och kroppslängd. Direkta mätningar ger mer precision än EBV's som fenotyper inom associationsstudier. Direkta fenotyper samlades in med en enkät som skickades ut till 178 isländska hästägare. För att ytterligare följa upp resultaten från tidigare studier, gjordes en ytterligare studie genom t-test.
För GWAS analysen plockades fenotyper ut från enkäten och resultaten gav signifikanta samband till följande fenotyper: utseende av käkar, mulens omkrets, käkbenets omkrets och huvudets längd. En borderline signifikant association hittades vid fenotypen: mankhöjd. Från den sekundära, ytterligare studien med t-test erhölls ett signifikant p-värde vid jämförelse av medel för mätningar på genotypen GG/AA i t-test för grupp 1 (kroppslängd: Kromosom 1). Det signifikanta p-värdet var 0,007 och medelvärdet var 143,213.